Este descubrimiento excitó la imaginación de muchos aventureros, que pensaron encontrar un reino colmado de riquezas, así como el espíritu de los misioneros, que deseaban llevar el Evangelio a los nativos. Las misiones en la selva adquirieron gran importancia en el siglo XVII y los jesuitas y franciscanos evangelizaron y fundaron diferentes poblados, contribuyendo a abrir caminos, trochas y carreteras para acortar las distancias entre las tribus y las comarcas o centros poblados por los indígenas.
Iquitos fue fundada en 1757 por los jesuitas con el nombre de San Pablo de los Napeanos, siendo el primer puerto fluvial sobre el río Amazonas. Durante gran parte del siglo XIX la región Loreto se mantuvo apartada del resto del país por la falta de medios de comunicación y por lejanía de su capital, y sólo a comienzos de 1880, con el inicio del auge del caucho, la zona atrajo la atención de muchos. De ser un pequeño poblado, Iquitos experimentó un notable aumento de población, convirtiéndose en una ciudad de construcciones modernas y gran importancia comercial.
Cuando el apogeo del caucho llegó a su fin en 1914, la región fue duramente afectada hasta que, en la década de 1970, la explotación petrolera y los recursos forestales dieron un nuevo impulso a la economía regional. Actualmente, Loreto sigue viviendo de la explotación del petróleo, pero la base principal de su economía es la explotación de la madera y el comercio.
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